Rijkswaterstaat Zee en Delta is verantwoordelijk en trekker voor het opstellen van het Natura 2000-beheerplan Deltawateren. Het beheerplan vormt het (juridisch) kader voor het natuurbeheer en activiteiten in het gebied. Het schept duidelijkheid voor gebruikers en andere burgers onder welke condities activiteiten met negatieve effecten op Natura 2000 zijn toegestaan. Daarnaast zijn in het beheerplan afspraken opgenomen over de uitvoering van noodzakelijke maatregelen, zodat de uitvoering hiervan geborgd is.

Een belangrijke maatregel is het zoneren van het gebruik, zodat rustgebieden voor bijvoorbeeld zeehonden en vogels ontstaan. Met een zogenaamd toegangsbeperkingsbesluit wordt de zonering juridisch verankerd. MaGRID heeft voor het beheerplan bijdragen geleverd aan de beschrijving van het huidige gebruik in relatie tot vergunningverlening. Ook zijn door MaGRID voor vrijwel alle Deltawateren de betreffende formele toegangsbeperkingsbesluiten in concept opgesteld. Hiertoe is intensief overlegd met verantwoordelijke overheden en terreinbeherende natuurbeschermingsorganisaties.

Zie voor meer informatie over het Natura 2000-beheerplan Deltawateren